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 酶催化和分離純化是制備高純度低聚異麥芽糖的關鍵環節。（1）酶催化環節酶催化環節是低聚異麥芽糖生產的關鍵環節，α-葡萄糖轉苷酶是生產過程中最關鍵的一種酶。近些年來，國內外對該環節的研究主要集中在以下幾方面：一是提高α-葡萄糖轉苷酶的轉化效率或篩選高產α-葡萄糖轉苷酶的菌株；二是進行酶固定化和細胞固定化研究，以實現連續生產。微生物中細菌、酵母、霉菌均能產生α-葡萄糖轉苷酶，其中以黑曲霉產酶活力，因此，國內外有諸多研究采用誘變手段和基因工程的手段來提高黑曲霉葡萄糖轉苷酶的表達和分泌。（2）分離純化環節圍繞分離除去IMO-50型低聚異麥芽糖中的Chemicalbook葡萄糖、麥芽糖和其他非IMO的低聚糖，提高IMO純度，常用的方法有三種：酵母發酵消耗、色譜分離純化、膜過濾濃縮。a.酵母對不同碳源的利用能力和消耗速度不同，低聚異麥芽糖一般不能被酵母所利用，而葡萄糖和麥芽糖卻是酵母的良好碳源.b.色譜分離技術是一種相對成熟、適用于工業化生產的技術，它利用待分離物質在分離介質中遷移速度的不同來實現不同組分的分離，目前廣泛應用在食品、醫藥、水處理等領域：如制備色譜已廣泛應用于醫藥領域中手性藥物的分離，大型連續化離交設備用于水處理，大型的模擬移動床制備色譜用于果糖和葡萄糖的分離。同樣，該技術也可用于功能糖的分離。