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洋蔥的莖在營養生長時期，莖短縮形成扁圓錐形的莖盤，莖盤下部為盤踵，莖盤上部環生圓圈筒形的葉鞘和枝芽，下面生長須根。成熟鱗莖的盤踵組織干縮硬化，能阻止水分進入鱗莖。因此，盤踵可以控制根的過早生長或鱗莖過早萌發，生殖生長時期，植株經受低溫和長日照條件，生長錐開始花芽分化，抽生花薹，花薹筒狀，中空，中部膨大，有臘粉，頂端形成花序，能開花結實。頂球洋蔥由于花期退化，在花苞中形成氣生鱗莖。 

洋蔥的葉由葉身和葉鞘兩部分組成，由葉鞘部分形成假莖和鱗莖，葉身暗綠色，呈圓筒狀，中空，腹部有凹溝（是幼苗期區別于大蔥的形態標志之一）。洋蔥的管狀葉直立生長，具有較小的葉面積，葉表面被有較厚的蠟粉，是一種抗旱的生態特征。 

花葶粗壯，高可達1m，中空的圓筒狀，在中部以下膨大，向上漸狹，下部被葉鞘；總苞2～3裂；傘形花序球狀，具多而密集的花；小花梗長約2.5cm。花粉白色；花被片具綠色中脈，矩圓狀卵形，長4～5mm，寬約2mm；花絲等長，稍長于花被片，約在基部1/5處合生，合生部分下部的1/2與花被片貼生，內輪花絲的基部極為擴大，擴大部分每側各具1齒，外輪的錐形； 子房：近球狀，腹縫線基部具有簾的凹陷蜜穴；花柱長約4mm。花果期5～7月。