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空間結構

它們通過多肽鏈的盤曲折疊，組成一個在酶分子表面、具有三維空間結構的孔穴或裂隙，以容納進入的底物與之結合并催化底物轉變為產物，這個區域即稱為酶的活性中心。不過酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分。酶催化反應的特異性實際上決定于酶活性中心的結合基團、催化基團及其空間結構。

而酶活性中心以外的功能集團則在形成并維持酶的空間構象上也是的，故稱為活性中心以外的基團。

通常有習慣命名和系統命名兩種方法。

習慣命名

常根據兩個原則：

1.酶的作用底物，如淀粉酶；

2催化反應的類型，如脫氫酶。

也有根據上述兩項原則綜合命名或加上酶的其它特點，如琥珀酸脫氫酶、堿性磷酸酶等等。