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在細胞內，反應后的輔酶可以被再生，以維持其胞內濃度在一個穩定的水平上。例如，NADPH可以通過磷酸戊糖途徑和甲硫氨酸腺苷基轉移酶作用下的S-腺苷基蛋氨酸來再生。由于輔酶的再生對于維持酶反應體系的穩定是必要的，因此，輔酶再生系統獲得了大量的實驗室以及工業應用。（輔酶不可以被叫做催化劑）

硫胺素

即維生素B1。它在生物體內的輔酶形式是硫胺素焦磷酸 (TPP)（圖1[硫胺素焦磷酸(TPP)的結構式]）。

硫胺素焦磷酸過去也稱為輔羧酶。它在動物糖代謝中起著重要作用，例如丙酮酸在脫羧作用時需要它。在TPP缺少的情況下，代謝中間物丙酮酸不能順利脫羧會積聚于血液和組織中而出現。TPP 還是其他酶例如 -酮酸氧化酶、轉酮醇酶的輔酶。TPP催化的酶反應還需要有鎂離子的存在。