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木瓜蛋白酶在醫藥、食品、飲料、化學試劑、飼料、紡織化妝品等方面都有廣泛的應用，開發前景廣闊。

食品工業

在食品行業中，木瓜蛋白酶可用于肉類嫩化、啤酒澄清、餅干松化等用途。

啤酒澄清劑

引起啤酒冷藏混濁時主要原因是啤酒中的蛋白質極易與多元酚結合成大分子的復合物。利用啤酒澄清劑中的木瓜蛋白酶對形成混濁的蛋白質有廣泛的特異性，能把大分子的蛋白質降解成小分子的物質，提高了蛋白質與多元酚復合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一種具有生物活性的蛋白質，該蛋白質可與引起啤酒冷藏混濁的多元酚形成穩定狀態平衡，防止了啤酒的冷藏混濁。